Bangunan gereja ini ditimbus sepenuhnya oleh keruntuhan Menara Selatan WTC. Tiada sesiapa yang berada di dalam gereja itu ketika kemusnahan itu. Hanya sedikit sahaja barang-barangan di dalamnya yang dapat dijumpai semula, antaranya ialah patung-patung St. Dionysios dari Zakynthos dan Zoodochos Pege yang rosak serta sebilangan kecil aneka barangan keagamaan.[4][5][6]

Satu laporan akhbar Ortodoks Yunani mengatakan bahawa sebelum Menara Selatan itu runtuh, sebahagian gear pendaratan kapal terbang terbabit kelihatan terlantar di atas gereja. Begitu juga, anggota-anggota badan kelihatan di sekitar gereja sebelum menara itu runtuh, kemungkinan mayat mangsa yang jatuh dari menara itu.

Para ahli jemaah dan Paderi Romas telah berpindah sementara ke Gereja Besar Ortodoks Yunani St. Constantine dan Helen di Brooklyn. Juga dirancangkan supaya Gereja Ortodoks Yunani St. Nicholas dibina semula.